Problemas hubo siempre. La huelga de futbolistas de 1975 es un capítulo sombrío. “La penuria económica no ha permitido a los directivos financiar a Barcelona, y varias obligaciones contraídas con los jugadores y técnico no han sido cubiertas en su totalidad”, dijo Diario El Universo el 9 de abril de ese año sobre el origen del paro que terminó con la dimisión del presidente Mario Moncayo Merino.
La rebelión del equipo, inconforme con las destituciones del técnico Luis Santibáñez y del uruguayo Alfredo de los Santos, tras un empate a 3 en Guayaquil, en el debut de la Coa Libertadores de 1986, es otro momento siniestro en la vida institucional amarilla.