En 1995 Barcelona gana su décimo segundo campeonato ecuatoriano, con un gran equipo y con la primera temporada en el cuadro ídolo del argentino Carlos Alfaro Moreno. El equipo inició la temporada bajo el mando del montenegrino Dussan Draskovic que solo duró cinco fechas y en su remplazó llegó el argentino (ex Emelec) Salvador Capitano que completa su segundo título de campeón en Ecuador, tras haberlo logrado con Emelec en 1993.

El gran rival de Barcelona durante la temporada, fue el novel Espoli, que quedó segundo en la Primera Etapa y ganó la Segunda; pero que en la final no fue rival para la mayor experiencia del cuadro «canario», que terminó ganando los dos partidos de la final.

Barcelona vuelve a la primera línea del torneo nacional en 1991, conquistando su décimo primer título. Dirigió el equipo al inicio de la temporada, el argentino Miguel Ángel Brindisi y a media campaña fue reemplazado por su compatriota Jorge Carlos Habegger, que lo llevo al título.

En este año, llegó como refuerzo al equipo «canario» el argentino Rubén Darío Insúa, quien tras unos primeros meses titubeantes, terminó siendo el goleador y la figura del equipo junto a José Gávica y Carlos Muñoz.

El final del campeonato de 1989 es sino el más polémico, uno de los más polémicos de la historia del fútbol de Ecuador. Barcelona obtiene su décimo título al repetirse el partido de la última fecha de la Liguilla Final jugando en Quito con un estadio Atahualpa vacío y tras empatar a cero goles con el Deportivo Quito, el día 27 de diciembre de 1989.

En el primer partido, que se jugó el 10 de diciembre, llegaban a la ultima fecha Barcelona, Emelec y Deportivo Quito con opciones de campeonato. Emelec le ganaba 4 a 2 a El Nacional y el Quito con gol del argentino Carlos Mendoza llegando a los minutos finales del partido, le ganaba a Barcelona por 1 a 0, con lo cual igualaba en puntos con Emelec y se debía disputar una serie extra de definición.

En 1987 Barcelona vuelve a dominar el torneo nacional y lo hace de principio a fin; ganando las tres etapas del torneo, de la mano del veterano técnico uruguayo Roque Gastón Maspoli. Es su noveno campeonato nacional.

En la Liguilla, Barcelona llegó a la última fecha en un cerrado duelo donde también Filanbanco y Audaz Octubrino tenían opciones de campeonar; a primera hora Filanbanco le había ganado a Audaz Octubrino por 1 a 0, equipo que abandonó la cancha por una polémica decisión del árbitro, con lo que esperaban que Barcelona pierda en su partido ante el Deportivo Quito en el estadio Atahualpa para coronarse campeones. Aquelló no ocurrió y más bien Barcelona ganó por 0 a 1 con un gol de Lupo Quiñónez.