Barcelona vuelve a la primera línea del torneo nacional en 1991, conquistando su décimo primer título. Dirigió el equipo al inicio de la temporada, el argentino Miguel Ángel Brindisi y a media campaña fue reemplazado por su compatriota Jorge Carlos Habegger, que lo llevo al título.
En este año, llegó como refuerzo al equipo «canario» el argentino Rubén Darío Insúa, quien tras unos primeros meses titubeantes, terminó siendo el goleador y la figura del equipo junto a José Gávica y Carlos Muñoz.
El cuarto título nacional de la Liga de Quito es de mucha recordación entre la hinchada blanca. Luego de 15 años en los que solo consiguieron 2 subcampeonatos en 1977 y 1981, vino 1990. A la liguilla final el cuadro «albo» llegó como el más débil de los cuatro clasificados, incluso en las fases iniciales estuvo a punto de jugar la liguilla de no descenso, solo lo salvo una penalización a Técnico Universitario.
En la Tercera Etapa y en la Liguilla final, a fuerza de garra, buen fútbol y bajo la guía del uruguayo Carlos Berrueta y de Pietro Marsetti el equipo inició una levantada impresionante que le llevó al campeonato.
El final del campeonato de 1989 es sino el más polémico, uno de los más polémicos de la historia del fútbol de Ecuador. Barcelona obtiene su décimo título al repetirse el partido de la última fecha de la Liguilla Final jugando en Quito con un estadio Atahualpa vacío y tras empatar a cero goles con el Deportivo Quito, el día 27 de diciembre de 1989.
En el primer partido, que se jugó el 10 de diciembre, llegaban a la ultima fecha Barcelona, Emelec y Deportivo Quito con opciones de campeonato. Emelec le ganaba 4 a 2 a El Nacional y el Quito con gol del argentino Carlos Mendoza llegando a los minutos finales del partido, le ganaba a Barcelona por 1 a 0, con lo cual igualaba en puntos con Emelec y se debía disputar una serie extra de definición.
En 1988 Emelec termina una mala racha de nueve años sin campeonatos, primero en mayo ganó el torneo amistoso Copa Ciudad de Guayaquil por la inauguración del estadio de Barcelona; y una vez metido en el torneo local logró proclamarse campeón del fútbol ecuatoriano, cortando la mayor sequía de campeonatos en la historia del club.
Emelec trajo como Técnico a inicios de año, al uruguayo Ángel Castelnoble y este trajo como refuerzos a tres uruguayos: el arquero Javier Baldríz, los mediocampistas Miguel Falero y Rubén Beninca; estos sumados al delantero Eduardo Aparicio fueron los principales refuerzos del club.
A solo seis días del inicio de las Eliminatorias para el Mundial Brasil 2014, es necesario conocer como le ha ido a Ecuador en todas las trece eliminatorias previas en las cuales ha participado, desde el lejano Mundial de Chile en 1962 hasta el de Sudáfrica en 2010.
Nuestra historia en las eliminatorias, se divide en dos; las primeras nueve eliminatorias, entre 1962 y 1994 donde los resultados, con excepción de 1966 son muy malos; y posterior a 1994 cuando los resultados empiezan a ser mucho mejores y con el agregado de lograr la clasificación a dos mundiales.
En 1987 Barcelona vuelve a dominar el torneo nacional y lo hace de principio a fin; ganando las tres etapas del torneo, de la mano del veterano técnico uruguayo Roque Gastón Maspoli. Es su noveno campeonato nacional.
En la Liguilla, Barcelona llegó a la última fecha en un cerrado duelo donde también Filanbanco y Audaz Octubrino tenían opciones de campeonar; a primera hora Filanbanco le había ganado a Audaz Octubrino por 1 a 0, equipo que abandonó la cancha por una polémica decisión del árbitro, con lo que esperaban que Barcelona pierda en su partido ante el Deportivo Quito en el estadio Atahualpa para coronarse campeones. Aquelló no ocurrió y más bien Barcelona ganó por 0 a 1 con un gol de Lupo Quiñónez.
Luego de un año 1985 donde el cuadro criollo enfocó más sus esfuerzos en lograr una buena participación en la Copa Libertadores, para 1986 El Nacional lograría un título más y nuevamente de la mano del técnico Roberto Abruzzesse; con ello los «puros criollos» llegan a nueve títulos.
Es también el último título de cuatro jugadores históricos: Carlos Ron y Fabián Pazymiño presentes en el cuadro militar desde 1973 y participes de ocho campeonatos; José Villafuerte y Milton Rodríguez con sus 7 títulos. Los cuatro son los jugadores que más títulos han obtenido en nuestro fútbol.
En 1984, El Nacional nuevamente dirigido en toda la temporada por el brasileño Roberto Abruzzesse completa su histórico segundo tricampeonato y llega a ocho títulos nacionales. Siendo el único equipo ecuatoriano que ha logrado ganar tres títulos consecutivos hasta el momento.
La consagración fue el 18 de noviembre de 1984, el coloso de “El Batán” fue testigo de un marco multicolor digno de un acontecimiento deportivo de tal magnitud. El rival a vencer erá el Deportivo Quito al que superó por uno a cero con gol de Fabián Paz y Miño.
En 1983 llegó a El Nacional el desconocido técnico brasileño Roberto Abruzzesse y aupado por el gran plantel que tenía a su mando logró un nuevo campeonato para los «criollos», el séptimo de su historia y abría el camino para un segundo tricampeonato; su consagración sería el 30 de diciembre del mismo año. Sus dirigidos superaron en la final a Técnico Universitario con anotaciones de Wilson “El Mariscal” Armas y Carlos “Correcaminos” Ron.
En el equipo destacaban jugadores de la talla de: José Villafuerte, Hermen Benítez, Wilson Armas, Carlos Ron, Fernando Baldeón y Fabián Paz y Miño.
En 1982, “El Nacional” recordó a todos su estirpe, se volvió a consagrar campeón nacional y dio inicio a su segundo tricampeonato de la mano del técnico Ernesto Guerra. Nuevamente la experiencia se conjugó con la juventud, el grupo conducido por el «trompudo» con sobra de merecimientos alzó el trofeo de campeón, luego de superar en una serie extra a Barcelona.
El 5 de enero de 1983 el Estadio Bellavista de Ambato fue testigo del 3 a 0 con el que los “Puros Criollos” derrotaron a Barcelona. El gol de José “Cielo” Villafuerte y los 2 de Fernando “La Fiera” Baldeón permanecerán por siempre en la retina de los hinchas de “El Nacional”.
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