En 1973 llegaría el segundo campeonato para el Club Deportivo El Nacional. La llamada «máquina gris» se puso nuevamente en marcha, y tras derrotar en una semifinal a su eterno rival, el Barcelona en cancha neutral (en la ciudad de Cuenca) por 2 – 0, salió triunfador de la liguilla final para decidir el campeonato luego de vencer 2 – 0 en el primer partido a la Universidad Católica, y empatar 3 – 3 en el partido de vuelta, coronándose así nuevamente como campeón del fútbol ecuatoriano.

El Nacional cumplió una aceptable actuación en la primera etapa del torneo, donde fue tercero; mejoró en la segunda etapa siendo segundo, para lo cual, la medida correctiva fue designar como entrenador a una de sus figuras más experimentadas, Héctor Morales, quien reemplazaría al argentino Roberto Resquín.

En el torneo de 1969 la histórica «bordadora» de la Liga Deportiva Universitaria de Quito con Francisco Bertocci, Carlos Ríos, Yamandu Solimando, Tito Larrea y los hermanos Zambrano ganó el primer campeonato para la Liga y alargó a tres los años consecutivos con campeones de Quito.

Al inicio de la temporada de 1969 se anuncia en Liga la permanencia del uruguayo Francisco Bertocci quien había llegado a mediados de 1968 y la incorporación de un argentino proveniente de Tigre: su nombre Santiago Alé. Luego se anuncia la incorporación del que era el segundo guardameta de Peñarol, luego del legendario Ladislao Mazurkiewicz, Yamandú Solimando. Y por último se suma un jovencito de 18 años, proveniente del mismo club uruguayo, Carlos Ríos Roux y la cuota de foráneos estaba completa.

En 1967 ya se establece un torneo nacional de carácter permanente y continuo; además es el último año en que se disputan los torneos profesionales provinciales; es el primer año en que se establecen los ascensos y descensos y se establecen un campeonato de Primera División y uno de Segunda División.

Con este año, llegamos al primer torneo donde un equipo quiteño gana un torneo con presencia de los equipos del Guayas, este equipo sería El Nacional, una nueva institución que a partir de esta temporada acapararía títulos, prestigio, honores y simpatía.

Después de la ausencia de los equipos de la provincia del Guayas en 1964, estos vuelven a la competencia en 1965 y arrasan en la misma, ya que terminan ocupando las cuatro primeras posiciones y con Emelec ganando su tercer campeonato y de forma invicta.

Clasifican para el Campeonato Nacional los cuatro primeros ubicados del Campeonato Profesional Interandino (Quito y Ambato) y del Campeonato Profesional de Guayaquil; se juega en un torneo a doble rueda y se vuelve a usar el raro sistema de no permitir que los equipos de la misma asociación jueguen entre sí.